Naprapati er en behandlingsform som bygger på avansert manuell medisin. Med begrepet avansert manuell medisin menes at man som naprapat bruker hendene for å undersøke og behandle dysfunksjoner og smerteproblematikk i menneskets bevegelsesapparat; det vil si muskler og skjelett som igjen påvirker kroppens nervesystem.
Naprapati innebærer å diagnostisere, behandle og rehabilitere smertetilstander og funksjonelle problemer i ledd og muskler. Behandlingen bygger på ortopedisk medisin kombinert med god kunnskap om bevegelsesapparatets oppbygning og funksjon. Denne tanken ligger til grunn for naprapatien og kan betegnes som selve kjernen. Funksjon er et sentralt begrep for naprapaten i både undersøkning og behandling. En forandret eller nedsatt funksjon, for eksempel bevegelse, kan påvirke fysiologiske mekanismer i kroppen som i sin tur kan gi ulike smertetilstander.